病原：Helminthosporium sigmoideum Cavara var. irregulare Cralley et Tullis
病徴：葉鞘の水際のおもに縁に近い部分に黒色，長方形の小斑点を生じ，縁に近い病斑は上下に長く伸びる。葉鞘全体が黄変枯死する。内側葉鞘に黒色で周縁不鮮明な不正形病斑を形成する。稈では黒褐色で周縁不鮮明な長楕円形の小斑点を多数生ずる。
病斑は融合すると黒褐色で周縁のぼやけた長い大型病斑となる。罹病葉鞘や稈中に黒色で不正形の小さな菌核が多数形成される。出穂期ごろになると，止葉葉鞘などにも黒色で周縁のぼやけた雲形病斑が現れる。
出穂後みごや穂軸に黒褐色長紡錘形あるいは線状の病斑を生じ，のちに全体を取り巻いて暗褐色となり，みごは折れやすくなる。小黒菌核病は止葉葉鞘に黒色で周縁のぼやけた雲形病斑を形成し，みごをも侵す。葉に茶褐色の小斑点を形成する。
伝染：菌核は乾燥状態でも湿潤状態でも生存力が強く，被害わら，刈り株あるいは地上に落ちた菌核で越冬し，翌年の伝染源となる。おもな第１次伝染源は菌核である。
刈り株や被害わら，あるいは地表や土壌中で越冬した菌核は，代かきや除草作業時に水面に浮上し株元に漂着する。菌核は発芽して菌糸を生じ，その先端に付着器を形成し，付着器の下面から侵入糸を出して角皮侵入する。
菌核上に形成された分生子が飛散して発芽して付着器を形成して侵入する場合もある。稈でも菌糸の先端に形成された付着器から侵入糸を出して角皮侵入する。稈の発病は黄熟期以降急速に増える。
防除：登熱後期の生育の凋落，秋落ちは本病の発生を助長するので，適正な施肥体系を維持する。本病に有効な薬剤は，フジワン粒剤，ヒノザン粉剤，同乳剤，キタジンＰ粒剤であり，これらは本来，いもち病防除薬剤であるので，本病といもち病の同時防除を狙って使用する。
参考：
日本植物病名データベース